PKBI DIY merupakan organisasi non pemerintah yang konsen pada isu Kesehatan Reproduksi, Gender, Seksualitas, HAM. Dalam melakukan kerjanya PKBI DIY berkomitmen untuk bekerja bersama komunitas. Beberapa komunitas yang bekerja bersama dengan PKBI DIY yaitu Remaja SMA & SMP, Remaja jalanan, komunitas gay, komunitas pekerja seks perempuan, komunitas waria dan komunitas desa. Isu yang diperjuangkan bersama dengan komunitas adalah Penghapusan stigma dan diskriminasi terhadap ODHA, perjuangan identitas, pemenuhan hak-hak remaja serta advokasi anggaran kesehatan reproduksi. Salah satu sasaran program PKBI adalah pada isu remaja. Remaja adalah masa penting dalam siklus kehidupan manusia, remaja memiliki rasa ingin tahu yang tinggi dan masa aktif untuk berekspresi dan berkreasi tetapi terkadang remaja distigma oleh negara dan masyarakat atas kasus-kasus yang terjadi pada mereka, Di Yogyakarta dari tahun 2009 sampai 2012 terlapor 139 kasus kekerasan pada pacaran (Rifka An nisa) dan data konseling kehamilan tidak diinginkan (KTD) remaja di PKBI DIY tahun 2012 sebanyak 311 orang. Pada kasus-kasus yang terjadi sebenarnya remaja adalah korban tetapi dianggap menjadi pelaku yang pantas dipersalahkan. PKBI melihat kondisi remaja menjadi sebuah permasalahan, remaja memiliki hak-hak yang tidak dipenuhi oleh negara tetapi saat terjadi kasus menjadi tersangka yang dipersalahkan sehingga dibutuhkan proses mengorganisir remaja, sehingga remaja dapat berorganisasi untuk memperjuangkan hak-hak mereka sebagai warga negara.